子宫畸形所致的临床表现多种多样，有些子宫畸形患者可无任何自觉症状，月经、性生活、妊娠、分娩等亦均无异常表现，以致终身不被发现，或于体检时偶被发现。
据统计，这些患者的比例可达25%~40%。另一些患者的生殖系统功能受到不同程度的影响，到青春期或性成熟时、婚后、孕期、产时，因出现症状才被发现，且妊娠期与非妊娠期的临床症状各有不同的特点。
(一)月经异常
1.原发性闭经 女性16岁以后或第二性征发育2年后仍无月经来潮，不伴有周期性腹痛，多见于先天性无子宫无阴道，还可见于始基子宫及幼稚子宫。伴有周期性腹痛者，常见于先天性子宫颈缺如及子宫颈闭锁，其周期性腹痛可因宫腔积血、输卵管积血等呈进行性加重
2.原发性进行性痛经 初潮时便出现了严重的痛经，且日渐加重。见于有功能内膜的残角子宫，主要见于二型残角子宫，子宫内膜周期性剥脱造成宫腔积血，甚至造成同侧输卵管积血，经血倒流进入腹腔。也可见于阴道斜隔综合征，其为一种双子宫双阴道，一侧阴道发育较小，且其下端与阴道外侧壁相连闭锁呈阴道斜隔的畸形，初潮后因该侧阴道、宫腔积血，产生原发性进行性痛经，但程度比前者的轻。
3.月经量过多及经期延长 双子宫、双角子宫、纵隔子宫等畸形，由于宫腔表面积增大等原因，患者可出现月经量过多及经期持续时间延长。
(二)性交困难、不孕
先天性无子宫无阴道、始基子宫、幼稚子宫等子宫发育不良者，常为婚后性交困难、不孕的主要原因。
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